Intressi arvestatakse alates seadusejärgsele maksude tasumise päevale järgnevast päevast kuni tasumise või tasaarvestamise päevani, viimane kaasa arvatud. Maksuintressi määr on 0,06 protsenti päevas. Teatud juhtudel maksuhaldur aga peatab intressi arvestamise. Peatamise aluseks võib olla maksukohustuse täitmiseks kasutatava krediidiasutuse tegevuse peatamine, maksukohustuslase pankrotimenetlusega seotud kompromissid ja samuti pankroti väljakuulutamine. Lisaks peatab maksuhaldur intressi arvestamise, kui intressisumma ületab selle arvestamise aluseks oleva maksunõude või ajal, kui toimub saneerimismenetlus või võlgade ümberkujundamine (menetluse algatamisest kuni kava kinnitamiseni). Täpsem loetelu on toodud maksukorralduse seaduse §-s 119.
Lähtudes heast haldustavast ja tuginedes Riigikohtu halduskolleegiumi otsusele, ei arvesta maksuhaldur intresse ka olukordades, kus maksumenetlus on veninud põhjustel, mis on tingitud Eesti maksuhaldurist endast. Selliste juhtudena võib välja tuua:
- maksuhalduri tegevusetusest tulenevalt on tekkinud põhjendamatu viivitus kontrolltoimingute läbiviimisel;
- maksuhalduril võtab maksustamise seisukohtade kujundamine tavapärasest enam aega ja menetluse jätkamine sõltub olemasolevate tõendite pinnalt tehtavatest täiendavatest otsustest.
Intressiarvestuse perioodi vähendades teeb maksuhaldur selle kohta otsuse. Otsus edastatakse maksumaksjale eraldi haldusaktina koos maksuotsuse või vastutusotsusega. Otsuses on märgitud periood, millal menetlus oli põhjendamatult viivituses ning päevade arv, mille võrra intressiarvestust vähendatakse.
Juhindumiseks võib tuua järgmised näited.
- Maksumenetlust läbi viiv ametnik lahkus ametist 1. jaanuaril 2014. Maksukontrolliga jätkas uus ametnik alates 15. veebruarist 2014 ning vahepealsel perioodil maksumenetluses kontrolltoiminguid läbi ei viidud. Menetlus lõppes maksude määramisega 1. septembril 2014. Tulenevalt 45-päevasest maksumenetluse viivitusest vähendab maksuhaldur intresside arvestamise perioodi viivituses oldud päevade võrra.
- Maksuhaldur alustas maksukontrolli 1. aprillil 2014. Kõik maksumenetluses tähendust omavad tõendid olid maksuhalduri poolt kogutud 1. augustiks 2014. Maksumenetluse raames puututi kokku praktikas uudse probleemiga, mille osas tuli kujundada selge seisukoht, millest edaspidi maksustamisküsimustes lähtuda. Seisukoha kujundamine võttis maksuhalduril aega kaks kuud (1. august kuni 1. oktoober 2014 ehk 60 päeva) ning selle aja jooksul kontrolliga seotud muid toiminguid ei tehtud. Maksumenetlus lõppes maksude määramisega 1. detsembril 2014. Seisukoha kujundamiseks just antud küsimuses peab maksuhaldur mõistlikuks 30-päevast perioodi vastavalt muudele sarnastele juhtumitele. Aega, mis ületab 30-päevast perioodi, peab maksuhaldur viivituseks. Tulenevalt 60-päevasest seisukoha kujundamisest vähendab maksuhaldur intresside arvestamise perioodi 30 viivituses oldud päeva võrra.
