Seega võib tuludeklaratsioon ka pärast tulumaksu tagastamist minna järelkontrolli. Igal aastal alustab maksuamet tuhandete tuludeklaratsioonide järelkontrolli, mille tulemusena enamasti määratakse tulumaksu juurde või vähendatakse tagastamisele kuuluvat maksusummat. Samas on alati ka neid, kes järelkontrolli tulemusena saavad rohkem tulumaksu tagasi. Seega ei välista tulumaksu kiire tagastamine, millega meie maksuamet eristub positiivselt väga paljude teiste riikide maksuametitest, hilisemaid kontrollitoiminguid.
Maksuametnikud ei vali deklaratsioone järelkontrolliks päris juhuslikult, vaid viivad erinevate infoallikate ja andmebaaside abil läbi põhjaliku riskianalüüsi ning selekteerivad saadud andmetele toetudes välja kontrollitavad deklaratsioonid. Näiteks eelmise aasta deklaratsioonidest läksid järelkontrolli need, mille puhul oli maksuametil alust arvata, et puudu olid välismaalt saadud tulud, metsamaterjali müük, korteri väljaüürimine, kinnisvara müük vms. Samuti võib järelkontrolli kaasa tuua kellegi vihje või ajakirjanduses avaldatud teave.
Maksuamet võib kontrolli läbi viia ja täiendavaid maksusummasid määrata kuni 6 aasta jooksul deklaratsiooni esitamise tähtajast. Kui puudub tahtlus (soov vältida makse), siis on see täiendava kontrolli aeg piiratud 3 aastaga. Seega 2012. a kohta esitatud deklaratsiooni osas võib maksuamet maksusummasid juurde määrata kuni 31.03.2016 ning tahtluse korral kuni 31.03.2019. Siiski on valmistatud ette maksukorralduse seaduse muutmise eelnõu, millega plaanitakse seda perioodi alates 2014. aastast lühendada 5 aastani. Kui maksumaksja on unustanud midagi deklareerida, siis on tal võimalik 3 aasta jooksul esitada parandusdeklaratsioon, mille tulemusena võib ta tulumaksu tagasi saada.
Juhul kui maksuamet tagastab tulumaksusumma ja siis hiljem nõuab selle tagasi või määrab täiendavaid maksusummasid või maksumaksja ise deklareerib õigel ajal deklareerimata jäänud tulusid, siis arvestatakse automaatselt intressi (sisuliselt viivis), mis on 0,06% päevas ehk ligi 22% aastas. Intressi arvestatakse päevast, mis järgneb päevale, mil maksu tasumine pidi seaduse järgi toimuma (1. juuli või FIE-de ja vara võõrandamise tulude korral 1. oktoober). Intressiarvestus lõppeb igal juhul siis, kui intressisumma on sama suur kui maksuvõlg ise. Siiski on tegemist üsna kõrge intressiga, mis halvimal juhul võib minna maksusummaga sama suureks. Sel juhul on maksukohustus sisuliselt 42%, mis maailma mastaabis pole küll midagi ebatavalist.
Seega on tuludeklaratsiooni esitamisel õigete ja täielike andmete esitamise vastutus ikkagi paraku maksumaksjal ning maksuameti tagastatud maksusumma või esitatud maksuteade ei ole mingi garantii tuleviku osas.
