Registri põhimääruses sisalduvad registri koosseis ja andmekoosseisud, andmete töötlemise kord, registri vastutavad ja volitatud töötlejad, andmete kaitse ja järelevalve, samuti registri rahastamine ja likvideerimine. Määruse viie lisaga sätestatakse nende alamregistrite andmekoosseisud, mis on oluliselt mahukamad määruse eelnõus nimetatud alamregistrite omast, teatas valitsuse kommunikatsioonibüroo.
Eelnõu reguleerib võrreldes kehtiva määrusega täpsemalt MTA tegevust andmekogu pidamisel. Lisaks muutub põhimäärus kooskõlla asjakohase terminoloogiaga ja praktikaga, samuti on ühtlustatud põhimääruse erinevate osade detailsust.
MTA andmekogud, mis ei kasuta maksukohustuslaste registri isikuandmeid ja omavad iseseisvat andmekoosseisu, jäävad ka edaspidi eraldiseisvateks andmekogudeks koos oma põhimäärustega. Nendeks on näiteks läbivalgustuspiltide andmekogu ning automaatne numbrituvastuse süsteem.
