В Законе о бухгалтерском учете установлено следующее:

§ 4. Основные требования к организации бухгалтерского учета

Лицо, обязанное вести бухгалтерский учет, обязано:
1) организовать бухгалтерский учет таким образом, чтобы было обеспечено получение актуальной, существенной, объективной и сопоставимой информации о финансовом положении, экономических результатах деятельности и денежных потоках лица, обязанного вести бухгалтерский учет;
2) документально фиксировать  все свои хозяйственные операции;
3) заносить на основании первичных документов или составленных на их основе сводных документов в бухгалтерские реестры записи обо всех своих хозяйственных операциях;
4) составлять и представлять отчет за хозяйственный год  и другие финансовые отчеты в порядке, установленном настоящим Законом, и другими правовыми актами;
5) хранить бухгалтерские документы.

То есть, в принципе, использование программ, в том числе и программ складского учета,  не является обязательным, если предприятие уверено в выполнении требований закона  иными методами. С другой стороны, запасы должны учитываться по определенной системе (FIFO или средневзвешенная цена, см. инструкцию Службы бухгалтерского учета  4 «Запасы» ), если  в течении месяца учет не ведется, а в расходы товары списываются по результатам инвентаризации, то существует большая  вероятность искажения их стоимости. Поэтому советую критически оценить используемую систему. В общем случае автоматизирование делает процесс учета запасов эффективнее и легче, а  также повышает уровень внутреннего контроля на предприятии.