Ettevõtlusega seoses saadud toetused kuuluvad aga maksustamisele. Seega,
kui toetust taotleb FIE ning see on tema ettevõtlusega seotud, peab ta
saadud toetuse arvesse võtma ettevõtluse tuludes ning tehtud kulud saab
ta tulust (sh toetusest) maha arvata. Kui inimene tegeleb
põllumajandusega vaid oma tarbeks, st ei tooda põllumajandussaadusi
müügi eesmärgil, ei ole see tulumaksuseaduse tähenduses ettevõtlus ning
ka toetust ei pea see isik tuludes deklareerima.
Pindalapõhiste toetuste puhul saab maksustamisel lähtuda sellest, kas
maatükk, millele toetust taotletakse on ettevõtluses kasutuses. Kui
toetust saadakse vastavalt loomade arvule, saab lähtuda sellest, kas
loomi kasvatatakse toodangu (nt piim, liha, vill, nahad jm) müügist
saadava tulu eesmärgil.
Sellised toetused, mida saavad taotleda vaid FIE-d (elatustalu
kohanemise toetus, investeeringutoetus) tuleb kajastada
ettevõtlustuludes ning kulud saab ettevõtlustulust maha arvata.
Ettevõtlustulust ei ole lubatud maha arvata kulusid, mis on tehtud
tulumaksuga mittemaksustatavate toetuste arvel. Toetuse saamisel
varasema perioodi andmete alusel omab tähtsust, kas ettevõtlustulust on
maha arvatud kulusid, mis olid vajalikud toetuse eesmärkide täitmisel
(näiteks saagikoristuse kulud). Kui selliseid kulusid on
ettevõtlustulust maha arvatud, tuleb toetus ettevõtlustuludes kajastada
ka siis, kui toetuse saamise aastal enam ettevõtlusega ei tegeleta. Kui
kulusid ei ole ettevõtlustulust maha arvatud ja toetuse saamise aastal
ettevõtlusega ei tegeleta, on toetus maksuvaba.